Secuenciación de la Metilación por bisulfito como prueba para IVU

Para realizar este método primero se debe haber amplificado una región de ADN bisulfitado usando cebadores sin sitios CpG, el producto de PCR se liga en un plásmido y se clona usando bacterias de E. coli. Se seleccionan colonias de forma individual, se aísla el plásmido y se secuencia la región de interés. Si se secuencia un número suficiente de clonas, el método puede ser cuantitativo y alelo-específico.

Fuente: https://scykness.wordpress.com/2014/11/24/secuenciacion-por-bisulfito-bisulfito-mapping-que-es-y-para-que-se-utiliza/

A continuación un vídeo explicativo sobre los varios métodos epigenómicos y su utilidad: 

Referencias Bibliográficas:

1. Qin WY e. LBP gene methylation involved in mRNA expression and resistance to E. coli F18 in weaned piglets. - PubMed - NCBI [Internet]. Ncbi.nlm.nih.gov. 2019 [cited 30 November 2019]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29611651

2. Sanchez J. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4659465/ [Internet]. Docs.bvsalud.org. 2017 [cited 30 November 2019]. Available from:http://docs.bvsalud.org/biblioref/2018/05/884017/epigenetica.pdf

3. Forde B. Lineage-Specific Methyltransferases Define the Methylome of the Globally Disseminated Escherichia coli ST131 Clone - PubMed - NCBI [Internet]. Ncbi.nlm.nih.gov. 2015 [cited 30 November 2019].Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4659465/

Pruebas Moleculares para E.coli: Microarray

Los Microarrays identifican la presencia de secuencias específicas de ácido nucleico utilizando oligonucleótidos complementarios, detectan numerosas secuencias en un solo ensayo. Por esto razón, este método ofrece la posibilidad de crear matrices con la capacidad de detectar una amplia gama de genes de resistencia presentes en aislamientos bacterianos. Un ejemplo es el uso de microarray para la detección de b-lactamasas en bacterias gramnegativas como el E. coli

Fuente: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/900550?SID=srch-srp-900550#/900550?SID=srch-srp-900550

Bibliografía:

1. Monras P. Microarray analysis of the Escherichia coli response to CdTe-GSH Quantum Dots: understanding the bacterial toxicity of semiconductor nanoparticles [Internet]. Ncbi.nlm.nih.gov. 2014 [cited 20 November 2019]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4300170/

PCR Múltiple para Ivu´s por E. coli

Título: Prevalencia y factores de riesgo para infecciones del tracto urinario de inicio en la comunidad causadas por E. coli productora de BLEE

Objetivo: dterminar la prevalencia y los factores de riesgos de la itu por e coli para un tratamiento adecuado

Muestra: muestra de orina (uroculitvo)

Genes: 

iutA-------->880pb

tratA--------> 290pb

chuA--------> 279pb

usp--------> 440pb

ompT--------> 559pb

papC--------> 200pb

fimH- fyuA--------> 354pb

yjaA------> 211pb

Extracción de ADN: ADN Genómico bacteriano del plásmido

PCR: PCR- rep

Pasos:  D       95°C; 2"--------------->
             M       94°C; 2''--------------->       30 Ciclos

             E        50°C; 1''--------------->

Visualización: EFO

Fuente: https://www.miuras.com.co/productos/deteccion-patogenos/ensayo-de-pcr-en-tiempo-real-del-sistema-bax-system-q7-para-e-coli-o157-h7/

Bibliografía

Chakraborty. A, Adhikari. P, Shenoy.S, Saralaya. V.  Clinical significance and phylogenetic background of extended spectrum β-lactamase producing Escherichia coli isolates from extra-intestinal infections. [internet]. ScienceDirect. 2015[ citado el 10 de Octubre de 2019]. Disponible en: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1876034114001543

Prueba de Tamizaje y Confirmación en IVU

Gram de Orina sin centrifugar: es un método rápido y económico que orienta la selección del tratamiento antibiótico empírico. La Tira Reactiva es otro método usado para hacer  prueba de tamizaje en bacteriuria.

Prueba Confimatoria: Urocultivo: Es el cultivo de la orina, que debe ser obtenida en condiciones especiales, es el recuento de bacterias por volumen de orina: se considera en la orina obtenida por chorro medio.

Fuente: https://www.elbotiquin.mx/medicina-general/el-color-de-tu-pipi-te-dira-si-debes-ir-al-medico

       

Bibliografía: 

1. Palacios Farias S. Frecuencia de Escherichia coli resistente a antibióticos aisladas del agua del río Piura, Perú en un tramo de la ciudad [Internet]. Repositorio.unp.edu.pe. 2019 [cited 5 December 2019]. Available from: http://repositorio.unp.edu.pe/handle/UNP/1957

Alteraciones en la epigenómica de IVU por E. coli

Cuando ha habido una infección ocasionada por E.coli en el hospedador, esta da como resultado una alteración epigenómica que termina en una hipermetilación del DNA, recientemente se ha descubierto que en el uroepitelio infectado existe una hipermetilación del gen CDKN2A y de una mayor expresión y actividad de las DNMT1. Los LPS también están inmiscuidos en la hipermetilación de los DNMT1, DNMT3A y DNMT3B, como causantes de la infección inducida en el uroepitelio, y además los LPS también actuán desactivando los receptores para los TLR4

Fuente: https://www.researchgate.net/figure/Figura-1-A-Agregado-del-grupo-metilo-al-carbono-5-de5-de-la-citosina-B-Pasaje-del_fig1_262594983

Bibliografías:
1. Adamus-Białek W e. Analysis of uropathogenic Escherichia coli biofilm formation under different growth conditions. - PubMed - NCBI [Internet]. Ncbi.nlm.nih.gov. 2015 [cited 5 December 2019]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26665185